企业在缴纳税款时，没有按照税法的规定缴纳而导致的未来补足税款的风险，就是税务风险。包括企业经营适用的税法不准确、少缴纳税款带来的风险。
在高企认定中，税务风险集中体现在企业不具备高企资质或者虽然有高企资质但当年并不满足高企的条件而享受了高企税收优惠，以及研发费归集不正确而享受了研发费加计扣除的政策。因此，在高企认定中：
1、强化研发项目的立项管理。
企业的研发项目具有“创新性”，首先，对即将研发的项目进行详细的可行性论证，编制项目计划书；
其次，由专门的技术评估部门进行分析，考察其创新性是否能够对企业做出贡献。
最后，减少与税务部门的理解偏差，减少不必要的税收流失以及对企业技术创新积极性的阻碍。
2、加强研发项目的预算管理。
项目预算包括项目支出总预算、具体项目的支出预算、项目开发期、各研究开发年度计划支出预算等。
加强预算管理，分析项目的实际开支和预算开支之间的差距。
对研发项目的预算编制、项目变更出台详细的程序，对项目进行跟踪，有效的杜绝项目研发过程中发生人员及项目变更。
3、规范研发费用的归集核算。
首先，落实高新技术企业项目核算的规范性，对不同的项目进行分别设立专账，建立项目支出明细账等，实行以项目为核算对象的会计核算体系。
其次，对多个项目共享某种资源的情况要出台相应的政策，着重明确研发项目中的开发人员工资的分摊方法、原材料及低值易耗品的分摊、各项费用的认定以及研发项目之间的分摊办法，比如设计费用、无形资产摊销、办公费中的通讯费、差旅费等。最好请税务师事务所出具鉴证报告。
4、加大税务风险的防范意识。
加强规范经营、树立风险管理意识；加强对国家政策的熟悉程度，不偷税漏税，合理避税；提升正规运作能力，切实加大研发投入，不断申请知识产权，真正提高企业核心竞争力。严格高企申报中的税务审查，不要企图弄虚作假蒙混过关。
一是审查审计报告与企业所得税纳税申报表数据的一致性。要求先出审计报告再填报企业所得税纳税申报表；或者是依据所得税纳税申报表再出具审计报告。要求数据一致。
二是审查“所得税纳税申报表基本信息表”。注意：职工人数，科技人员占比，研发项目立项和验收情况，研发费用中研发人数与直接人工工资总额对比，个税代扣代缴情况等。
三是审查“高新技术企业优惠明细表”。注意：对于重新高企认定的企业，着重查看上一年度“高新技术企业优惠明细表”，是否满足高企的条件。
四是审查“企业财务报表”。注意：财务报表之间的勾稽关系，前后年度数据是否一致，企业成长性。
五是审查企业其他申报材料。如成立时间，审计、鉴定材料的中介结构是否符合要求。
六是审查三个口径研发费的合理性，内部结构的合规性。最好研发费的三个口径趋于一致。
由认真负责、讲究职业道德、高水平的审计机构出具审计报告。